1.將顯微鏡放置在實驗室的水槽或窗戶邊，潮濕和灰塵都是顯微鏡的殺手，因放置的方式和地方選擇的不對，都會極大的縮短顯微鏡使用壽命。
2.顯微鏡初學者對其基本的原理和構造了解甚少，粗暴的造作也會是顯微鏡易損的致命傷。如：經常搬動，取放時用力過猛，調焦時用力升降調焦系統，不能正確的調節焦距和瞳孔距等等。
3.高倍鏡頭的工作距離通常都非常短，如操作不當也會損傷高倍鏡。如：有操作者用完100X油鏡頭時不擦干凈或不擦，都是不好的使用習慣。
4.在轉換物鏡時，經常有操作者直接轉動物鏡頭，殊不知此操作會影響光軸的同軸和齊焦。正確使用方法是應轉動物鏡轉換器，得到想要的觀察物鏡。
5.將聚光鏡或視場光欄開得過大或過小，還將其位置調整得過高或過低，都不能得到分辨率和銳利度最佳的顯微圖像。